13k 字 12 分钟

最近在做地衣（真菌与藻类的共生体）的相关课题，对于真菌理解的较少，于是选择 2019 年发表在 Biological Reviews 上的文献进行阅读，文献比较长，耗费很长时间看完，而且在阅读过程中主要侧重于植物方面 #...
5k 字 5 分钟

# 1.orthofinder 介绍 OrthoFinder 是一种快速、准确和全面的比较基因组学分析工具。它可以找到直系和正群，为所有的正群推断基因树，并为所分析的物种推断一个有根的物种树。OrthoFinder 还为比较基因组分析提供全面的统计数据。OrthoFinder 使用简单，只需运行一组 FASTA 格式的蛋白质序列文件（每个物种一个）。 # 2. 基础知识介绍 Orthologue（直系同源基因）指的是来自两个物种的基因。Orthologue 是由两个物种的最后共同祖先 (LCA) 上的单个基因进化而来的成对基因 (图 1A 和 B)。正群是同源概念在物种群中的自然延伸。一个...
3.3k 字 3 分钟

我们知道，一个网站要能够在任何地方都能够被访问，那么需要部署到服务器上，但是对于我们来说，构建服务器的花销是巨大的。幸运的是，github 就提供了这样的功能，只要按照 github 格式要求，新建一个仓库，把你的网站代码上传到里面，你就有一个自己的免费网站了。 废话不多说，让我们利用 jekyll 和 github 来构建自己的博客吧！！ # 一：软件下载 jekyll 支持 mac、linux、windows 等，鉴于大部分童鞋使用的是 windows 系统，那我就用 windows 构建 # 1. 下载安装 ruby...
4.1k 字 4 分钟

在基因组注释中第一步就是重复序列的屏蔽，目前常用的从头注释 pipeline 就是 RepeatModeler + RepeatMasker。 # 一：RepeatMasker 安装 # 1.TRF trf 下载地址：[https://tandem.bu.edu/trf/trf409.linux64.download.html] bashmv trf409.linux64 trfchmod a+x trf。# 2.RMblast 推荐使用 2.9.0 版本 使用 conda 安装 bashconda install RMblast=2.9.0#...