小钊の笔记

本次笔记整理了第一部分《探索》，具体函数的用法还是要去之前的笔记看一下 R 数据科学笔记：1 R 数据科学笔记：2 R 数据科学笔记：3 # 1.ggplot2 相关 gglpot2 绘图模板： ggplot(data = <DATA>) +<GEOM_FUNCTION>(mapping = aes(<MAPPINGS>),stat = <STAT>,position = <POSITION>)...

前面的教程已经进行了 WGCNA 分析并将各个模块的网络图绘制文件导出，接下来将进行共表达网络的绘制，本次教程依旧根据 PlantTech 的 Cytoscape 课程编写，希望对大家有所帮助。 WGCNA 教程 WGCNA 分析原理 WGCNA 应用场景 WGCNA 分析实践 # 1. 数据导入 WGCNA 分析后有许多模块，我选择上次分析中与 Luminal 亚型最相关的 pink 模块进行分析。 打开 cytoscape， 选择 File>import>import network from file, 打开 WGCNA 分析中得到的...

# 第四章：工作流：脚本 迄今为止，我们一直使用 RStudio 控制台来运行代码。这是一个非常好的开始，但如果需要创建更复杂的 ggplot2 图形或者 dplyr 管道，你很快就会发现控制台非常不方便。为了拓展工作空间，我们应该使用 RStudio 脚本编辑器。要想打开脚本编辑器，可以点击 File 菜单，选择 New File，接着选择 R Script；也可以使用组合键 Ctrl+Shift+N。现在你可以看到 4 个窗格。 如果你很重视一段代码，那么脚本编辑器就是存放这段代码的绝好位置。你可以在控制台中不断调试，一旦代码正常运行并输出预期结果，你就可以将其放在脚本编辑器中。当退出...

WGCNA 笔记第三弹 WGCNA 分析原理 WGCNA 应用场景 WGCNA 分析实践 本代码借鉴了生信技能树的 WGCNA 教程以及 PlanTech 的 WGCNA 课程编写，转载请注明出处 # 1.WGCNA 安装 > install.packages ("BiocManager")> BiocManager::install ("WGCNA")> library...

WGCNA 笔记第二弹 WGCNA 分析原理 WGCNA 应用场景 WGCNA 分析实践 # 1.WGCNA 应用场景 不同组织样品 时间序列样品：生长发育，胁迫处理 单个材料：相同处理不同时间，不同处理相同时间，不同处理不同时间 两个材料：相同处理不同时间，不同处理相同时间，不同处理不同时间 表型数据：同级相关表型的数据 # 2.WGCNA 实验设计 1. 时间序列样品，两个材料相同处理，可以一起做 WGCNA 分析，也可以分别做然后比较，相同材料不同处理之间也一样 2. 同一物种，不同来源的转录组数据，可以放在一起做 WGCNA，也可以分开来比较 3. 一般建议 15...

本教程根据 PlantTech 的 WGCNA 课程编写，课程还是不错的，所以将该课程给大家分享一下。 WGCNA 笔记第一弹 WGCNA 分析原理 WGCNA 应用场景 WGCNA 分析实践 # 1.WGCNA 简介 WGCNA (Weighted Gene Co-Expression Network Analysis, 加权基因共表达网络分析)，鉴定表达模式相似的基因集合（module）。解析基因集合与样品表型之间的联系，绘制基因集合中基因之间的调控网络并鉴定关键调控基因。 WGCNA 适合于复杂的转录组数据 研究不同器官 /...

这篇文献于 2014 年 12 月 30 日发表在 Organism Diversity & Evolution , 主要描述了在地衣中，地衣真菌可以向藻类捐赠基因，该文献对藻类进行测序，探究真菌基因进入藻类基因组的 HGT 证据，我的课题是对真菌进行了测序，藻类有参考基因，也可以借鉴该方法。 # 摘要 科学家们几个世纪前就已经知道真菌和藻类之间亲密而持久的关系，而这些古老的共生关系可能为这两种生物伙伴之间编码蛋白的基因水平转移 (HGT) 提供了极好的机会。在本研究中，对地衣 Xanthoria...

# Amylostereum areolatum 基因组测序与分析：揭示菌虫共生的生物学基础 最近做的地衣共生没有什么头绪，找到的文献都是宏基因组相关，无奈，只好找了菌虫共生菌的基因组分析作为借鉴，看看能不能从中发掘出有用的方法。 这篇文献 2020 年 5 月发表在 ASM 上，主要对 Sirex noctilio 的真菌共生体 Amylostereum areolatum 进行基因组测序分析，与我进行的工作类似。 # 摘要 ​ Amylostereum areolatum 是一种全球入侵物种 - 欧亚树蜂 (Sirex noctilio)...

# 第二章 工作流：基础 # 2.1 代码基础 首先，我们可以将 R 当做计算器使用 > 1 / 200 * 30[1] 0.15> (59 + 73 + 2) / 3[1] 44.66667> sin(pi / 2)[1] 1使用 <- 来创建新对象： x <- 3 * 4创建对象的所有 R 语句（即赋值语句）都有同样的形式： object_name <- value在阅读这行代码时，你可以在脑海中默念 “某个对象名得到了某个值”。如果你觉得...

最近把之前的《R 数据科学》的笔记整理一下，大概每篇文章整理 2-3 章，这本书有中英文两版，不知道为什么中文版比英文版少了一章，而且一些关键内容也有所删减，所以大家学习这本书的时候以英文版为准。 电子书下载地址：《R4ds》 源代码地址：https://github.com/hadley/r4ds # 作者简介： 哈德利・威克姆（Hadley Wickham） RStudio 首席科学家，统计学家，斯坦福大学、奥克兰大学、莱斯大学兼职统计学教授。已被下载数百万次的 ggplot2 等多款知名 R 包的开发者，一直致力于让普罗大众更容易上手数据分析，被 R 社区誉为 “改变了 R...