小钊の笔记

# 添加点图 依然去找示例文本 dataset_external_shapes_template.txt 前面部分依旧不更改，只修改 DATA 可以看到输入不同的 value 可能会使点的属性发生变化，为了防止出错，推荐一个表型（一列 value）用一个 dataset，最后挨个拖进去即可，这里只展示一组 点击 shape type 可以修改形状，点击 rawdata 可以局部修改 点击 legend 可以添加图例 刚刚是利用 iTOL 加的数量性状，接下来加质量性状，还是去找示例数据 不多说，只编辑 DATA 然后拖到网页 然后更改 看一下最终成品图

# 添加图片 依然是寻找示例文本 上面的不作任何修改，只修改最后的 DATA 需要注意，图片添加的是网址，而不是本地的图片，我们可以把想上传的图片写到简书上发表后在复制图片地址即可。 直接拖到网页，看一下效果 图片是没有办法单独设置的，如果感觉效果不太好，就在 datasets 调一下参数 最后导出文件即可

# 添加文本 利用 iTOL，我将进化树分为三个群体，接下来就是添加文本 与 evolview 一样，添加文本需要 datasets，依然可以去参考 help 页面 这里我放上了官网中所有参考格式模板的压缩包，需要可以下载 每个参数都作了说明，可以根据需要修改，有一些可以在网页更改，所以建议上面不做修改，只在 DATA 部分修改，根据示例修改即可 修改之后 可以直接将该文件拖到网页上，查看效果 此时 datasets 界面出现了我们上传文件的信息 如果想要修改一些属性，你会发现这是对三个文本同时修改，想要单独修改就点击 raw data>edit using the...

# 使用界面 与 Evolview 一样，可以注册后使用，也可以白嫖，点击 upload 即可上传树文件 # 基本操作 右侧 controls 负责对进化树进行修改： basic 主要负责修改树的造型、分支、标签，还有标签的字体、字号是否加粗等 advance 主要负责展示 bootstrap 的特征 iTOL 最好用的一个功能是能修改局部的 label 和 leaf 当我们鼠标悬停在某个位置时，我们可到这个局部数据的信息 鼠标点击即可修改局部 node 的属性，比如我改一下颜色和风格，可以看到局部的 node 被改为红色虚线，局部的 label 也可以更改 在选好节点后，再点击...

# 目标 # 数据准备 依然查看 help 界面的 Protein domains 在上传数据的时候我们发现多了按钮，可以从 PFAM 上上传数据，evolview 使用的标签名必须与 PFAM 的 URL API 是一样的 # 手动上传 示例数据 KLF9_HUMAN 244 189,212,zf-H2C2_2,Pfam-A,,,PF13465,5.4e-05,32.80 159,186,zf-H2C2_2,Pfam-A,,,PF13465,0.0036,27.00 tab...

上个教程中已经修改了进化树的分支颜色和标签颜色，接下来进行热图绘制 # 数据准备 我们可以从 help 界面查看我们需要输入的数据类型 #heatmap !title Example of heatmap 图例标题 !showLegends 1 是否显示图例，1：显示，0：不显示 !defaultStrokeColor gold !defaultStrokeWidth 2 !colorgradient blue, yellow,red 热图配色 !colorgradientMarkLabel 0,5,10,15,20,25 颜色梯度值 # -- heatmap column labels...

# 目标 达成以下效果 # Evolview 介绍 在线的进化树美化工具，可直接在搜索引擎找到，可以注册账号也可以直接点击 Try me 白嫖 # 数据上传 点击 uploadtree，选择 nwk 文件上传 该按钮可以选择树的整体布局 该按钮可以控制显示节点和分支的数值以及字体的样式和线的宽度 # 局部标签加背景色 该按钮主要负责上传树的一些控制文件 可以看到有不同的类型，根据图片指示就能看出是怎样改变树的。 一般来讲，我们可以去 help...

废话不多说，直接简单粗暴的开始吧 # 导入基因组 导入基因组文件：Genomes→load geome from file→选择 "reference.fa" 文件 导入注释文件：file →load geome from file →选择 om"reference.gff"，由于 gff 文件已经是按坐标顺序排列的，因此不需要重新排序。 # 导入甲基化数据文件 这是拿到的结果，标注了甲基化的类型以及所在位点。 IGV 导入的数据需要改为 IGV 格式，建议先学习下 IGV 文件的格式 可以看到，官网中给了我们 IGV...

上个笔记中，进行了共生物种的确定，由于地下部位的转录组还有一部分 reads 没有比对上，可能是样品污染问题，也可能含有其他的物种，所以，想使用 Trinity 和为比对上的 reads 去比对到 nt 数据库查看结果 # nt 数据库下载和构建 wget https://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gzwget...

最近做的项目是关于地衣的转录组和基因组，拿到的结果是真菌部位的基因组以及不同时期和部位的转录组，地下部位的藻类部由于太复杂而且杂质过多不好分离就没有测基因组，目前想知道地下部位的藻类到底是什么？根据之前的观察，推测是 Coccomyxa subellipsoidea，想要具体确定的话还需要进一步证明。 可以看到该地衣的地上部位是一种担子菌，地下部位不仅有藻类还有其他的物种。 # 转录组比对到真菌参考基因组 目前有真菌的测序基因组，第一步就是想把转录组数据比对到真菌的参考基因组上 比对工具我选择 STAR，使用地上部位（真菌部_Lh3-1）和地下部位（藻类部...