小钊の笔记

# 前言 目前的课题是 10X 单细胞测序 (植物方面)，之前已经把所有的流程基本走过一遍，现在就将自己的学习过程整理成笔记给大家分享一下，我在学习单细胞分析的时候主要跟着单细胞天地的公众号和 jimmy 老师在 B 站上上传的单细胞分析视频进行学习的，在前期的数据下载过程中也参考了刘小泽的文章，希望对大家能有所帮助。 数据来源：《Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of class I...

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# 1. 在 github 上新建一个仓库并 clone 到本地 注意： 新仓库的名字要与你的登录账号名保持一致（我这里已经创建过所以有重名警告） 我比较喜欢使用 atom 来进行 clone，所以我选择了添加 README 文件，如果喜欢用 git 可以不添加 README 文件，按照如下命令执行 进入一个文件夹git clone git@github.com: 你的用户名 / 你的用户名.gitecho "# 主页展示的内容" >>README.mdgit initgit add .git commit...

在上一篇导读中提到，目前在做小立碗藓的单细胞测序，相关的 maker gene 已经能发掘到很多，还缺少转型期相关的 maker gene，看到了 2015 年发表在《The Plant Journal》的文章，使用了激光切割法取特定组织进行转录组分析，区分了 tip-cell（最终发育绿丝体）和 bud-cell（最终发育为配子体），希望能对我寻找转型期相关基因有所帮助。 #...

最近在做小立碗藓的 10X 转录组，最大的问题就是 maker gene，所以要从文献中发掘 maker gene，将其用于自己的细胞注释中，目前选择了 2016 年发表在《Molecular Plant》的一篇文章，主要做了小立碗藓各个组织的转录组，找到一些组织特异性基因，希望对我的注释工作能有帮助。 # 摘要 本研究主要制作了小立碗藓的转录组图谱，涵盖了苔藓植物的生命周期的大部分阶段，包括了孢子体发育的详细进展。研究鉴定了一套完整的孢子体特异性的转录因子，并发现许多这些基因在被子植物中具有同源性，在发育过程中起很多作用，比如开花和分枝。 #...

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本教程主讲老师：马士兵教育杨淑娟老师，国内 Java 技术专家，Python 技术专家，数据库技术专家，腾讯评选教育培训界 “中国好老师” 称号。所编写的《Java 程序设计教程》，被广大高校作为计算机专业教材，51 自学网《SQL Server2008 视频教程》被几十万学员点赞观看。 目前该教程全套视频在 B 站，本系列笔记根据该视频编写，希望对大家有所帮助 Python 系列笔记： 马士兵教育 Python 入门基础：1.python 入门（一） 马士兵教育 Python 入门基础：1.python 入门（二） 马士兵教育 Python 入门基础：2. 七十二变（1） 马士兵教育...

本教程主讲老师：马士兵教育杨淑娟老师，国内 Java 技术专家，Python 技术专家，数据库技术专家，腾讯评选教育培训界 “中国好老师” 称号。所编写的《Java 程序设计教程》，被广大高校作为计算机专业教材，51 自学网《SQL Server2008 视频教程》被几十万学员点赞观看。 目前该教程全套视频在 B 站，本系列笔记根据该视频编写，希望对大家有所帮助 Python 系列笔记： 马士兵教育 Python 入门基础：1.python 入门（一） 马士兵教育 Python 入门基础：1.python 入门（二） 马士兵教育 Python 入门基础：2. 七十二变（1） 马士兵教育...