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马士兵教育 Python 入门基础：4. 流程控制 (3) # 多分支结构 '''多分支结构，多选一执行从键盘录入一个整数 成绩90-100 A80-89 B70-79 C60-69 D0-59 E小于 0 或大于 100 为无效数据'''score=int (input (' 请输入一个成绩 '))# 判断if score>=90 and score<=100: print...
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马士兵教育 Python 入门基础：1.python 入门（一） 马士兵教育 Python 入门基础：1.python 入门（二） 马士兵教育 Python 入门基础：2. 七十二变（1） 马士兵教育 Python 入门基础：2. 七十二变（2） 马士兵教育 Python 入门基础：3. 运算（1） 马士兵教育 Python 入门基础：3. 运算（2） 马士兵教育 Python 入门基础：4. 流程控制（1） 马士兵教育 Python 入门基础：4. 流程控制 (2) 马士兵教育 Python 入门基础：4. 流程控制 (3) # 分支结构 #...
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马士兵教育 Python 入门基础：1.python 入门（一） 马士兵教育 Python 入门基础：1.python 入门（二） 马士兵教育 Python 入门基础：2. 七十二变（1） 马士兵教育 Python 入门基础：2. 七十二变（2） 马士兵教育 Python 入门基础：3. 运算（1） 马士兵教育 Python 入门基础：3. 运算（2） 马士兵教育 Python 入门基础：4. 流程控制（1） 马士兵教育 Python 入门基础：4. 流程控制 (2) 马士兵教育 Python 入门基础：4. 流程控制 (3) # 比较运算符 a,b=10,20print...
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# 前言 之前对拟南芥单细胞测序的文献数据进行复现，数据结果有点微妙，接下来进行拟时间分析 # 分生组织伪时间分析 作者首先查看了分生组织相关基因（WOX5,PIN1,RGF3,PLT1）在聚类中的表达情况，WOX5 和 PIN1 主要在 cluster12 中表达，RGF3 以及 PLT1 主要在 cluster19 中表达，对应到自己的数据中查看效果 pdf("cell_identify/meristematic.pdf",height = 14,width =...
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# 前言 目前我的课题是植物方面的单细胞测序，所以打算选择植物类的单细胞测序数据进行复现，目前选择了王佳伟老师的《A Single-Cell RNA Sequencing Profiles the Developmental Landscape of Arabidopsis Root》，希望能够得到好的结果 # 原始数据的下载 首先下载测序数据 prefetch SRR8485805 -O wang/fastq-dump --split-files SRR8485805mv SRR8485805_1.fastq...
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# 前言 本次主要使用 Seurat 比较 STAR 与 Cellranger 的输出结果，只会进行简单的聚类工作。 # 数据读入 > library (Seurat)> library (dplyr)> library (magrittr)> library (gtools)> library (stringr)> library (Matrix)> setwd...
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# 前言 在利用 cellranger 比对单细胞 reads 时，可以发现有 STAR 的进程夹杂在里面，那么 STAR 可以用来比对单细胞数据吗？在 STAR 的 2.7 版本中 (2.7.6a) 出现了 STARsolo，可以进行单细胞数据的比对，由此可见 STAR 的强大 # Cellranger 输出结果 在使用 STAR 之前，先看一下 cellranger 的输出结果 .├── analysis│   ├── clustering│   ├── diffexp│   ├── pca│   ├── tsne│   └── umap├── cloupe.cloupe├──...
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# 将 SRA 转为 fastq 数据下载好之后，我们得到的是 SRR 文件，需要将其转换为 fastq 格式才能使用 wkd=/home/project/single-cell/MCCcat SRR_Acc_List-2586-4.txt |while read idofastq-dump --gzip --split-files ${i}.sradone结束之后每个 SRR 文件会变成解压出三个文件 为什么会有三个文件，这个需要去查一下 10X...