小钊の笔记

参考链接: https://github.com/velocyto-team/velocyto.R http://velocyto.org/velocyto.py/index.html http://pklab.med.harvard.edu/velocyto/notebooks/R/chromaffin2.nb.html https://htmlpreview.github.io/?https://github.com/satijalab/seurat-wrappers/blob/master/docs/velocity.html https://github.com/velocyto-te...

参考链接: https://github.com/velocyto-team/velocyto.R http://velocyto.org/velocyto.py/index.html http://pklab.med.harvard.edu/velocyto/notebooks/R/chromaffin2.nb.html https://htmlpreview.github.io/?https://github.com/satijalab/seurat-wrappers/blob/master/docs/velocity.html https://github.com/velocyto-te...

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生信技能树单细胞数据挖掘笔记 (1)：数据读入 生信技能树单细胞数据挖掘笔记 (2)：创建 Seurat 对象并进行质控、筛选高变基因并可视化 生信技能树单细胞数据挖掘笔记 (3)：降维与聚类 生信技能树单细胞数据挖掘笔记 (4)：其他分析（周期判断、double 诊断、细胞类型注释） 生信技能树单细胞数据挖掘笔记 (5)：轨迹分析 生信技能树单细胞数据挖掘笔记 (6)：差异分析 (1) 生信技能树单细胞数据挖掘笔记 (7)：差异分析 (2) # 3、根据 count 矩阵转换 fpkm 并完成差异分析 # 3.1 导入 count 矩阵 nm_COUNT <-...

生信技能树单细胞数据挖掘笔记 (1)：数据读入 生信技能树单细胞数据挖掘笔记 (2)：创建 Seurat 对象并进行质控、筛选高变基因并可视化 生信技能树单细胞数据挖掘笔记 (3)：降维与聚类 生信技能树单细胞数据挖掘笔记 (4)：其他分析（周期判断、double 诊断、细胞类型注释） 生信技能树单细胞数据挖掘笔记 (5)：轨迹分析 生信技能树单细胞数据挖掘笔记 (6)：差异分析 (1) 生信技能树单细胞数据挖掘笔记 (7)：差异分析 (2) 前言：使用 GSE81861 提供的数据，比较 CRC 肿瘤上皮细胞与正常上皮细胞的差异。GEO 提供了 count 与 fpkm...

生信技能树单细胞数据挖掘笔记 (1)：数据读入 生信技能树单细胞数据挖掘笔记 (2)：创建 Seurat 对象并进行质控、筛选高变基因并可视化 生信技能树单细胞数据挖掘笔记 (3)：降维与聚类 生信技能树单细胞数据挖掘笔记 (4)：其他分析（周期判断、double 诊断、细胞类型注释） 生信技能树单细胞数据挖掘笔记 (5)：轨迹分析 生信技能树单细胞数据挖掘笔记 (6)：差异分析 (1) 生信技能树单细胞数据挖掘笔记 (7)：差异分析 (2) # 轨迹分析 通过构建细胞间的变化轨迹来重塑细胞随时间的变化过程。 ##4、拟时轨迹分析 ----library (monocle)data...

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# 前言 最近有幸加入生信技能树的单细胞数据挖掘尝鲜群，借此机会给大家分享一下 生信技能树单细胞数据挖掘笔记 (1)：数据读入 生信技能树单细胞数据挖掘笔记 (2)：创建 Seurat 对象并进行质控、筛选高变基因并可视化 生信技能树单细胞数据挖掘笔记 (3)：降维与聚类 生信技能树单细胞数据挖掘笔记 (4)：其他分析（周期判断、double 诊断、细胞类型注释） 生信技能树单细胞数据挖掘笔记 (5)：轨迹分析 生信技能树单细胞数据挖掘笔记 (6)：差异分析 (1) 生信技能树单细胞数据挖掘笔记 (7)：差异分析 (2) # 课程大纲 # 入门基础知识 所需 R 包 getOption...