小钊の笔记

# 目录 1.Module 1 - Introduction to RNA sequencing Installation Reference Genomes Annotations Indexing RNA-seq Data Pre-Alignment QC 2.Module 2 - RNA-seq Alignment and Visualization Adapter Trim Alignment IGV Alignment Visualization Alignment QC 3.Module 3 - Expression and Differential...

# 目录 1.Module 1 - Introduction to RNA sequencing Installation Reference Genomes Annotations Indexing RNA-seq Data Pre-Alignment QC 2.Module 2 - RNA-seq Alignment and Visualization Adapter Trim Alignment IGV Alignment Visualization Alignment QC 3.Module 3 - Expression and Differential...

# 目录 1.Module 1 - Introduction to RNA sequencing Installation Reference Genomes Annotations Indexing RNA-seq Data Pre-Alignment QC 2.Module 2 - RNA-seq Alignment and Visualization Adapter Trim Alignment IGV Alignment Visualization Alignment QC 3.Module 3 - Expression and Differential...

# 目录 1.Module 1 - Introduction to RNA sequencing Installation Reference Genomes Annotations Indexing RNA-seq Data Pre-Alignment QC 2.Module 2 - RNA-seq Alignment and Visualization Adapter Trim Alignment IGV Alignment Visualization Alignment QC 3.Module 3 - Expression and Differential...

# 目录 1.Module 1 - Introduction to RNA sequencing Installation Reference Genomes Annotations Indexing RNA-seq Data Pre-Alignment QC 2.Module 2 - RNA-seq Alignment and Visualization Adapter Trim Alignment IGV Alignment Visualization Alignment QC 3.Module 3 - Expression and Differential...

# 参考链接 如何对基因组进行注释 从头预测，同源注释和转录组整合都会得到一个预测结果，相当于收集了大量证据，下一步就是通过这些证据定义出更加可靠的基因结构，这一步可以通过人工排查，也可以使用 EVidenceModeler (EVM). EVM 对 gene_prediction.gff3 有特殊的要求，就是 GFF 文件需要反映出一个基因的结构，gene->(mRNA -> (exon->cds (?))(+))(+), 表示一个基因可以有多个 mRNA，即基因的可变剪接，一个 mRNA 都可以由一个或者多个 exon (外显子),...

对于 RNA-seq 数据，有两种使用策略，一种是使用 HISAT2 + StringTie 先比对再组装，一种是从头组装，然后使用 PASA 将转录本比对到基因组上。在本篇教程中，只使用有参组装 参考链接：如何对基因组注释 首先，使用 HISAT2 将 RNA-seq 数据比对到参考基因组，这一步和之前相似，但是要增加一个参数 --dta ，使得 StingTie 能更好的利用双端信息 hisat2-build LH.mask.fa index/chi_masked ## 这个是屏蔽重复序列后的一个待发表基因组，与上两篇推文的基因组不一样hisat2 --dta -p 20...

同源预测 (homology prediction) 利用近缘物种已知基因进行序列比对，找到同源序列。然后在同源序列的基础上，根据基因信号如剪切信号、基因起始和终止密码子对基因结构进行预测. 在同源预测上，目前看到的大部分基因组文章都是基于 TBLASTN + GeneWise, 但是目前 GeneWise 已经不在维护，在本次推文中将使用 GenomeThreader 进行同源注释。 参考链接：如何对基因组注释 # 确定同源物种蛋白序列 首先选择同源物种，在本次分析中，我使用...

# 前言 最近的推文将是一个大系列，目录就不放了，可能会有点多，主要涉及了基因注释，比较基因组学分析，基因家族分析等，大家看我博客的顺序就行。 基因注释参考链接 (不得不说州更大神真的是植物生信方面的专家了) 基因注释主要有三种策略 从头注释 (de novo prediction)：通过已有的概率模型来预测基因结构，在预测剪切位点和 UTR 区准确性较低 同源预测 (homology-based prediction)：有一些基因蛋白在相近物种间的保守型搞，所以可以使用已有的高质量近缘物种注释信息通过序列联配的方式确定外显子边界和剪切位点 基于转录组预测...

# 前言 本教程来自与我保存在 github 上的 RNAseq 教程 这是一个 RNA-seq 分析的教学教程和工作演示流程，包括介绍云计算 (不介绍了，直接从第二章开始)、下一代序列文件格式、参考基因组、基因注释、表达分析、差异表达分析、选择性剪接分析、数据可视化和解释。 # 目录 1.Module 1 - Introduction to RNA sequencing Installation Reference Genomes Annotations Indexing RNA-seq Data Pre-Alignment QC 2.Module 2 - RNA-seq...