RNAseq 教程 (1.4)

# 目录

1.Module 1 - Introduction to RNA sequencing

1. Installation
2. Reference Genomes
3. Annotations
4. Indexing
5. RNA-seq Data
6. Pre-Alignment QC

2.Module 2 - RNA-seq Alignment and Visualization

1. Adapter Trim
2. Alignment
3. IGV
4. Alignment Visualization
5. Alignment QC

3.Module 3 - Expression and Differential Expression

1. Expression
2. Differential Expression
3. DE Visualization
4. Kallisto for Reference-Free Abundance Estimation

4.Module 4 - Isoform Discovery and Alternative Expression

1. Reference Guided Transcript Assembly
2. de novo Transcript Assembly
3. Transcript Assembly Merge
4. Differential Splicing
5. Splicing Visualization

5.Module 5 - De novo transcript reconstruction

1. De novo RNA-Seq Assembly and Analysis Using Trinity

6.Module 6 - Functional Annotation of Transcripts

1. Functional Annotation of Assembled Transcripts Using Trinotate

# 1.4 Indexing

# 创建 HISAT 索引

为 chr22 和 ERCC spikein 序列创建 HISAT2 索引。HISAT2 可以将外显子和剪接位点合并到索引文件中进行对齐。首先创建一个剪接站点文件，然后创建一个外显子文件。最后制作 FM 索引。

要了解更多关于 HISAT2 索引策略与其他软件的不同之处，请参阅说明书。

hisat2_extract_splice_sites.py chr22_with_ERCC92.gtf >INDEX/splicesites.tsv

hisat2_extract_exons.py chr22_with_ERCC92.gtf >INDEX/exons.tsv

hisat2-build -p 8 --ss INDEX/splicesites.tsv --exon INDEX/exons.tsv chr22_with_ERCC92.fa INDEX/index

[可选] 为所有染色体创建索引，而不是仅仅为 chr22，你会做以下操作:

注意：下面的例子没有利用将剪接位点和外显子添加到索引。如果需要，可以使用完整的 GTF 生成这些文件，并使用适当的选项将它们添加到命令中。

警告：为了索引整个人类基因组，HISAT2 需要 160GB 内存。AWS 实例大小将耗尽 RAM。

#cd /home/ubuntu/workspace/data/fasta/GRCh38

#hisat2-build -p 8 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.primary_assembly.fa Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.primary_assembly