RNA 速率：软件下载与 loom 文件准备

参考链接:
https://github.com/velocyto-team/velocyto.R

http://velocyto.org/velocyto.py/index.html

http://pklab.med.harvard.edu/velocyto/notebooks/R/chromaffin2.nb.html

https://htmlpreview.github.io/?https://github.com/satijalab/seurat-wrappers/blob/master/docs/velocity.html

https://github.com/velocyto-team/velocyto.R/issues/16

https://www.jianshu.com/p/bce19672879e

# 目录

RNA 速率：软件下载与 loom 文件准备

RNA 速率：数据读入

RNA 速率：使用 Seurat 的结果做 RNA velocity

# velocyto 下载

首先是下载 velocyto 生成 loom 文件

## 1. 创建 python>3.6 的环境

conda create -n velocyto python=3.6

## 2. 安装前置软件

conda install numpy scipy cython numba matplotlib scikit-learn h5py click

pip install pysam

## 3. 安装 velocyto

pip install velocyto

## 4. 测试

velocyto --help

Usage: velocyto [OPTIONS] COMMAND [ARGS]...

Options:

  --version  Show the version and exit.

  --help     Show this message and exit.

Commands:

  run            Runs the velocity analysis outputting a loom file

  run10x         Runs the velocity analysis for a Chromium Sample

  run-dropest    Runs the velocity analysis on DropEst preprocessed data

  run-smartseq2  Runs the velocity analysis on SmartSeq2 data (independent bam file per cell)

  tools          helper tools for velocyto

# repeat_masker.gtf 生成

运行 velocyto 需要准备三个文件，单细胞数据分析的结果文件，基因组注释文件，重复序列注释文件，其中前两个在单细胞分析时就会得到，关键是这个 repeat_masker.gtf

本人是做植物的，所以本次教程主要关注植物类 repeat_masker.gtf 的获得，人和小鼠的重复序列文件比较好得到，植物类首先可以看一下 Phtozome 数据库上想要研究的物种的注释文件夹下有没有 reapeat.gtf，没有就要我们自己生成了

重复序列的注释文件我们一直没怎么关注过，对于做过基因组注释的童鞋来说，大家都忽略了一步，其实 repeatmasker 就可以生成重复序列的注释文件。

RepeatMasker -e ncbi -species arabidopsis -pa 40 -gff  TAIR10.fa

生成 gff 文件后，可以看到重复序列的点位以及属性，velocyto 主要使用的就是位点

# loom 文件生成

接下来是生成 loom 文件，运行 velocyto 需要准备三个文件，基因组注释文件 (gtf)，repeat_masker.gtf (重复序列注释文件)，cellranger 的结果文件夹 (以样本名 WT_1 为例，里面包含 cell matrix 和 bam 文件)

velocyto -m TAIR10_masked.gtf WANG/ TAIR10.gtf

运行结束后会在 WANG 文件夹下生成 velocyto 文件夹，里面有 velocyto.loom 的文件，可以用于下一步的分析