# 前言
目前的课题是 10X 单细胞测序 (植物方面)，之前已经把所有的流程基本走过一遍，现在就将自己的学习过程整理成笔记给大家分享一下，我在学习单细胞分析的时候主要跟着单细胞天地的公众号和 jimmy 老师在 B 站上上传的单细胞分析视频进行学习的，在前期的数据下载过程中也参考了刘小泽的文章，希望对大家能有所帮助。
数据来源：《Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of class I HLA》文章中的部分数据
| ID | Description | SRR_ID |
|---|---|---|
| GSM3330559 | Tumor Disc Pre | SRR7722937 |
| GSM3330560 | Tumor Disc AR | SRR7722938 |
| GSM3330561 | PBMC Pre | SRR7722939 |
| GSM3330562 | PBMC Disc Early | SRR7722940 |
| GSM3330563 | PBMC Disc Resp | SRR7722941 |
| GSM3330564 | PBMC Disc AR | SRR7722942 |
# 数据下载
两种方法
1. 使用 sratools
conda install -c daler sratoolkit | |
##sra 数据下载加速 | |
wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.8.1/ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.tar.gz | |
# 小心版本号有变动，不要直接复制上面的命令 | |
tar zxvf ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.tar.gz | |
bash ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.sh | |
# 默认安装路径 /home/user/.aspera | |
cat >SRR_Acc_List-2586-4.txt | |
SRR7722937 | |
SRR7722938 | |
SRR7722939 | |
SRR7722940 | |
SRR7722941 | |
SRR7722942 | |
cat SRR_Acc_List-2586-4.txt |while read i | |
do prefetch $i -O `pwd` && echo "** ${i}.sra done **" | |
done |
2. 利用 ascp 由 ftp.ncbi 下载测序数据
第一种情况下有的数据可能无法下载，也可以直接利用 ascp 下载，速度也很快
在 EBI 上搜索想要的 SRR 号，复制连接地址
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/srr/SRR772/007/SRR7722937
然后将地址按照如下格式修改
ascp -QT -l 300m -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/srr/SRR772/007/SRR7722937 ./ | |
ascp -QT -l 300m -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/srr/SRR772/008/SRR7722938 ./ | |
ascp -QT -l 300m -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/srr/SRR772/009/SRR7722939 ./ | |
ascp -QT -l 300m -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/srr/SRR772/000/SRR7722940 ./ | |
ascp -QT -l 300m -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/srr/SRR772/001/SRR7722941 ./ | |
ascp -QT -l 300m -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/srr/SRR772/002/SRR7722942 ./ |
# 参考链接
单细胞实战 (一)：数据下载
【生信技能树】使用 10X 单细胞转录组数据探索免疫治疗
