废话不多说,直接简单粗暴的开始吧

# 导入基因组

导入基因组文件:Genomes→load geome from file→选择 "reference.fa" 文件

导入注释文件:file →load geome from file →选择 om"reference.gff",由于 gff 文件已经是按坐标顺序排列的,因此不需要重新排序。

# 导入甲基化数据文件

这是拿到的结果,标注了甲基化的类型以及所在位点。

image-20200907193242001

IGV 导入的数据需要改为 IGV 格式,建议先学习下 IGV 文件的格式

image-20200907193456432

可以看到,官网中给了我们 IGV 文件的格式例子,patient 就可以改为不同的甲基化类型,由于 IGV 格式的文件不支持正负链的标注,所以在转换成 IGV 格式文件时,我把负链的甲基化值变为负值

最后修改的 IGV 文件如下(tab 分割):

image-20200907193849248

然后通过 file→load from file 导入,结果如下图:

image-20200907194817079

接下来,我们可以修改图片的颜色和字体大小,右键点击相应的行即可

image-20200907195147388

点击 file→save image 即可保存最终图片

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