前面的教程已经进行了 WGCNA 分析并将各个模块的网络图绘制文件导出，接下来将进行共表达网络的绘制，本次教程依旧根据 PlantTech 的 Cytoscape 课程编写，希望对大家有所帮助。
WGCNA 教程
# 1. 数据导入
WGCNA 分析后有许多模块，我选择上次分析中与 Luminal 亚型最相关的 pink 模块进行分析。
打开 cytoscape， 选择 File>import>import network from file, 打开 WGCNA 分析中得到的 CytoscapeInput-edges-pink.txt 文件，可以看到如下界面
接下来我们需要修改每个表头（每一列的属性），改成如下即可
可以看到做出来的网络非常丑，不着急，下一步进行网络的修改，美化一下
# 2. 修改网络
点击 Tools>networkanalyzer>network analysis>analyze network 弹出以下界面
选择第二个的无方向网络，接着选择 node degree distribution，点击下方的 Visualize Parameters。
出现四个选择项：上边两个是调节 node 的，下边两个是调节 edge 的，大家可以根据自己的需要去选择。
可以看到所有的 node 已经根据节点数的多少有不同的大小。
在最下方的表格中将数据按照节点数目排序，将大于 100 的 node 选出，在 name 一列选择相应的 node 然后右键 select node from selected rows 可以将想要的 node 选出，然后拖拽到合适的位置。
选中 degree 大于 100 的所有点，点击 layout>circular layout>select node only , 将选中的 nodes 按照圆形排列
出现了奇怪的图，点击 layout>setting, 设置 Circle size 的大小，可以设置圆的大小。
最后，我们再修改一下 node 和 egde 的颜色
左侧的设置栏我们可以修改 node 的颜色以及标签的颜色
然后点击下方的 edge，修改 edge 的状态。在做 WGCNA 分析时，不同基因的之间的相关度有一个 weight 值，我们可以根据 weight 值的大小判断两个基因之间的相关性。
将 Edge color to arrows 打钩，选择最上方的 Color（Unselected）选项。column 选择 weight，mapping type 选择 continuous mapping 选项
点击那个渐变的色块，我们可以修改颜色
点击上面的三个小箭头，然后点击下方的 Edge Color，可以对不同位置的颜色进行修改。
最后放上成品图，可能有点丑，大家根据自己的需要自行修改即可
# 3. 数据导出
最后，我们可以将网络的表格文件和网络图导出
首先导出网络表格，点击最右侧的 export，将表格文件导出至想要的位置即可
接下来是导出图片，选择 file>export>network to image, 选择想要的图片文件格式，需要注意，保存图片时其实是对主界面进行一个截图操作，先将网络调成自己想要的大小然后再导出即可
最后我们也可以将图例导出，选择 create legend，保存想要的图例格式即可
# 后记
该课程主要借鉴了 PlantTech 的 Cytoscape 课程编写，视频我已下载，大家有需要可以去百度云下载（提取码：5z41）
视频压缩包解压密码是我博客 about 界面下的一行小字（出自《蒲公英女孩》，标点是英文），如果链接炸了去博客找我联系方式。
网络图绘制教程个人感觉还是用视频教程更好，目前有录制视频的打算，录制好之后我会放到 B 站，主要还是看自己的时间允不允许。
