小钊の笔记

本文将继续使用兰花空间转录组的数据，同时运用文献中提到的 STEEL 聚类方法进行分析，该方法也是由戚继团队开发的，看文章感觉聚类效果不错。 目前该文章还未被接收，大家可以先用下软件，主要能提供聚类信息和每个聚类的 marker 基因，但个人认为可视化方面还有所欠缺，所以这个教程将结合 STEEL 的聚类方法与 Seurat 的可视化函数来完整复现文章的聚类图和拟时图 # STEEL 聚类分析 软件下载 STEEL (sourceforge.io) 使用说明 主要的参数就是 --beads --genes --pca --group ./steel...

空间转录组是 2022 生命科学十大创新产品名单，因此将来会在生物学领域有非常大的应用空间，目前植物类的相关文章较少，在本次的系列教程中，将使用复旦大学戚继团队兰花空间转录组的数据，希望大家一起学习，掌握植物空间转录组基本的分析方法 数据连接 OSF | Spatiotemporal atlas of organogenesis in development of orchid flowers, 与单细胞的数据结构基本一致，多了 spatial 这个文件夹，主要包含的就是切片信息和 spot 定位信息 # 前言 在本篇文章中，作者一共制作了兰花空间转录组切片，并使用了 STEEL...

# 1. 前言 上次讲到基因家族的收缩扩张分析，这次我们以某个节点为切入点，进行特异节点的功能富集分析 其实这篇教程适用于所有的非模式物种 (没有现成的 GO/KEGG 库的物种) 的富集分析 物种特异的比较简单就不进行实践了 # 2. 节点选择 这次选择一个进化上比较重要的节点，水生到陆生的过程，对应进化树为 node25 # 3. 获取目的基因 主要是目标基因与背景基因的选择，目标基因可以是该节点显著扩张的基因家族包含的所有物种基因，背景基因一般为该节点包含的 Orthogroup # 3.1 获取 node25 显著扩张的基因 cat Gamma_p0.05change.tab |...

# 前言 # 上篇推文中介绍到比较基因组学分析常用套路的第一步，利用单拷贝基因构建具有分化时间的物种树，补充一点，对于跨度较大的物种，可以选择单拷贝基因的方法，比如此次分析使用的物种。对于目级或者科级水平来讲，推荐使用共线性基因建树。以十字花科为例，如果用单拷贝基因，可能只有 1000 多组，但是使用共线性可能有接近 5000 组。共线性基因建树可以使用 WGDI 的方法，这部分内容我以后会探索一下。 本篇推文主要讲基因家族的收缩与扩张分析，使用的软件是 cafe5，2020 年发表，相较于 cafe4 来讲操作更加方便并且新增了模型 (Gamma) # 安装 命令行提示符git clone...

# 前言 之前有写过单拷贝基因构建物种树的流程，现在我对流程进行优化，而且将会增加后续的基因家族收缩与扩张分析，希望对大家的分析有所帮助 # 物种选择 在此我不在介绍软件的原理和安装了，大家可以去看我之前的推文 物种选择此次包含了整个绿色植物，从绿藻门到被子植物 大部分基因组是在 jgi phytozome 上下载的 绿藻门 Chlorophyte：小球藻：Coccomyxa subellipsoidea (Csu), 团藻：Volvox carteri (Vca) 轮藻门 Charophyta：布氏轮藻：Chara braunii (Cba), Klebsormidium nitens...

# 目录 1.Module 1 - Introduction to RNA sequencing Installation Reference Genomes Annotations Indexing RNA-seq Data Pre-Alignment QC 2.Module 2 - RNA-seq Alignment and Visualization Adapter Trim Alignment IGV Alignment Visualization Alignment QC 3.Module 3 - Expression and Differential...

# 目录 1.Module 1 - Introduction to RNA sequencing Installation Reference Genomes Annotations Indexing RNA-seq Data Pre-Alignment QC 2.Module 2 - RNA-seq Alignment and Visualization Adapter Trim Alignment IGV Alignment Visualization Alignment QC 3.Module 3 - Expression and Differential...

# 目录 1.Module 1 - Introduction to RNA sequencing Installation Reference Genomes Annotations Indexing RNA-seq Data Pre-Alignment QC 2.Module 2 - RNA-seq Alignment and Visualization Adapter Trim Alignment IGV Alignment Visualization Alignment QC 3.Module 3 - Expression and Differential...

# 目录 1.Module 1 - Introduction to RNA sequencing Installation Reference Genomes Annotations Indexing RNA-seq Data Pre-Alignment QC 2.Module 2 - RNA-seq Alignment and Visualization Adapter Trim Alignment IGV Alignment Visualization Alignment QC 3.Module 3 - Expression and Differential...

# 目录 1.Module 1 - Introduction to RNA sequencing Installation Reference Genomes Annotations Indexing RNA-seq Data Pre-Alignment QC 2.Module 2 - RNA-seq Alignment and Visualization Adapter Trim Alignment IGV Alignment Visualization Alignment QC 3.Module 3 - Expression and Differential...